Le comité de pilotage est l'organe central de décision d'EURES-T Rhin Supérieur. Le comité de pilotage définit les orientations et la stratégie du partenariat, il approuve le plan d'activités et de financement annuel.
Au sein du comité de pilotage, chaque organisation partenaire (services de l'emploi, syndicats, organisations d'employeurs et collectivités territoriales) et chaque région (Allemagne, France et Suisse) sont représentés de manière équilibrée.